处理车辆违章扣分的方法如下：
查询违章信息
可以通过车管所、交警大队或通过手机App等方式查询是否有违章记录。
前往违章处理大厅
携带身份证、驾驶证和行驶证，前往当地交警大队或违章处理大厅办理违章处理手续。
确认违章记录
在违章处理窗口，提交相关材料后，工作人员会查询驾驶证分数和车辆的具体违章记录，包括违章次数、扣除的分数以及罚款金额。
处理违章
确认违章信息无误后，接受处理，并打印交通违章缴款单。需签字确认并在下方注明“无异议”。
缴纳罚款
根据缴款单上的金额，在指定银行完成罚款的缴纳。注意，处罚决定书一旦打印完毕，必须在15日内交罚款，超过15天的，每天收取3%的滞纳金，滞纳金的总额不能超过罚款的总额。
保留票据
缴纳罚款后，保留好相关票据。几日后再网上查询违法信息，若违法信息没有了，票据就可以扔了，但如果网上还有违法信息没消掉，可以拿着交款单子到交警队的法制科说明情况，经过工作人员确认后，违法信息将被直接删除。
注意扣分情况
车主应留意自己的驾驶证分数是否足够处理当前车辆的所有违章。务必避免扣满12分，否则需要重新参加考试。对于C照以上的驾照，扣分过多可能还需参加驾照规则培训。车主可以利用每年积分清零前的机会，先行处理部分违章，再利用下一年的积分处理剩余违章。
避免滞纳金
务必在指定日期内缴纳罚款，否则将面临滞纳金，且交警系统会视为未完成交通违章处理。
通过以上步骤，可以顺利完成车辆违章扣分的处理。建议车主定期查询违章记录，及时缴纳罚款，避免因滞纳金而产生额外费用。