当车辆违章被扣21分时，需要按照以下步骤处理：
学习和考试
驾驶员需要先到交管所处理违章扣分，并申请参加学习和考试。
学习内容通常包括道路交通安全法律、法规和相关知识。
学习考试通过后，可以清除被扣的分数，并重新获得驾驶证。
缴纳罚款
在处理违章时，需要持处罚决定书到指定的银行缴纳罚款。
罚款应在收到行政处罚决定书之日起十五日内缴纳，逾期未缴纳的，需支付滞纳金。
手续和证明
学习和考试合格后，需要携带相关证明到车管所办理手续，确认记分清除并领取驾驶证。
如果持有的是B2及以上驾驶证，还需要在三十天内办理驾驶证降级业务。
重新驾驶
在完成上述所有步骤后，驾驶员可以重新获得驾驶资格，并可以继续合法驾驶车辆。
建议：
驾驶员在违章被扣21分后，应尽快安排时间参加学习和考试，以免产生额外的滞纳金。
持有B2及以上驾驶证的驾驶员，务必及时办理驾驶证降级手续，以避免因扣分过多而导致驾驶证被吊销。