公司进行零报税的操作流程通常包括以下几个步骤：
1. 登录税务局网站或电子税务局系统，使用纳税人识别号和密码登录。
2. 在系统中找到“我要报税”或“税费申报及缴纳”栏目，并选择“按期应申报”查看本月需申报的税种。
3. 对于每个税种，选择相应的申报表进行填报。
4. 在填报过程中，将主营业务收入等相关收入项填写为0。
5. 如果有费用发生，根据情况将其计入相应的费用科目，如长期待摊费用-开办费。
6. 确认所有填报信息的准确性，提交申报信息。
7. 根据系统提示完成税款的支付（如果有的话）。
8. 打印出带有公章的纳税申报表，并前往税务局进行递交或网上申报平台进行申报。
请注意，零申报并不意味着公司不存在税务问题，公司仍需按时进行零申报，并在财务报表中如实反映公司的经营状况。此外，零申报适用于当期没有发生应税收入或所得，或当期没有发生销售、进项、应纳税额等应税行为的情况。