股东出资的认定主要依据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释进行，具体包括以下几个方面：
出资形式
股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。但法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。
出资评估
以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续，并由评估机构依法评估非货币财产的价值。评估应当公正、合理，不得高估或者低估作价。
出资证明
公司应当出具出资证明书，确认股东的出资额和出资方式。出资证明书应当载明股东的姓名或者名称、缴纳的出资额和出资日期等内容。
公司章程和股东名册
出资证明书、公司章程和股东名册中应当记载股东的出资额和出资方式，这些文件是认定股东出资的重要依据。
实际履行
股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。
验资报告
对于设立公司时的出资，应当经过依法设立的验资机构验资并出具证明，之后向公司登记机关申请设立登记。
其他相关证明文件
股东出资后，建议要求公司出具相关证明文件，如银行转账记录、公司财务账册等，以进一步确认出资的真实性和合法性。
通过以上几个方面的综合考量，可以全面、准确地认定股东的出资情况。在实际操作中，建议聘请专业律师或会计师进行详细审核，以确保出资的合法性和真实性。