合同中的折扣处理应遵循以下原则：
按比例分摊
企业应在各单项履约义务之间按比例分摊合同折扣。
局部分摊条件
如果满足以下条件，企业可以将合同折扣全部分摊至合同中的一项或多项履约义务：
企业经常将合同中的各项可明确区分的商品单独销售或以组合方式单独销售；
企业也经常将部分可明确区分的商品以组合方式按折扣价格单独销售；
上述折扣与合同中的折扣基本相同，并且有可观察的证据支持将全部折扣归属于某一项或多项履约义务。
余值法估计单独售价
如果合同折扣仅与合同中的一项或多项履约义务相关，且企业采用余值法估计单独售价，则应首先在该一项或多项履约义务之间分摊合同折扣，然后再估计单独售价。
印花税缴纳
购销合同按购销金额的万分之三缴纳印花税。
合同折扣错误处理
如果合同折扣数字错误，未签订合同的可修改为正确数字；已签订错误的合同可与对方协商修改，协商不成可寻求法律帮助。
合同条款明确
为避免纠纷，建议在合同主文部分直接写明合同总价是折后价，或在附件中修改价格为折后价。
请根据具体情况选择适当的方法处理合同中的折扣问题。