处理工厂员工早退的问题，可以遵循以下步骤和原则：
查明原因
首先，需要调查员工早退的具体原因。是否是因为有特殊情况，如家庭紧急情况或其他合理理由，还是员工本身的工作态度问题。了解原因后，可以更有针对性地进行处理。
执行公司规章制度
根据《劳动法》和《劳动合同法》，用人单位有权制定和执行劳动规章制度，包括对迟到、早退、旷工等行为的处罚规定。如果员工违反了这些规定，用人单位可以依据规章制度进行处罚，如警告、罚款、记过等。
扣发工资
用人单位可以根据内部规定对早退员工进行罚款。例如，早退十五分钟扣半小时工资，早退十五分钟以上记为旷工半天扣半天工资。具体扣款数额应按照公司规定执行，并且要确保扣款公平合理，不超出法定标准。
多次早退的严重处理
如果员工多次早退，严重违反了单位的规章制度，用人单位可以依法解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。法律依据：《劳动合同法》第三十九条规定，用人单位在劳动者严重违反用人单位的规章制度的情况下，可以解除劳动合同。
教育和预防
对于偶尔早退的员工，除了处罚外，还应该加强教育和沟通，了解其早退的原因，帮助其改正错误。可以通过培训、宣讲等方式，让员工熟悉公司的规章制度，提高遵守规定的自觉性。
建立有效的考勤制度
制定合理可行的考勤制度，明确迟到、早退的标准和处罚方法，并通过公示等方式让员工知晓。同时，领导要以身作则，树立榜样，形成良好的工作氛围。
劳动争议处理
如果员工对处罚有异议，可以向用人单位提出申诉。用人单位应当进行复核，并在必要时进行调解或处理。如果争议无法通过内部解决，还可以依法申请劳动仲裁。
通过以上步骤，用人单位可以有效地处理员工早退的问题，维护正常的工作秩序和劳动纪律。