三证合一后，企业报税流程如下：
作废手中全部发票
纳税人需要作废手中全部发票，并保持开票系统联网且数据上传成功。
查询发票结存数量
次日，纳税人登录“网上办税服务厅”查询发票结存数量，确保所有发票结存为零。如无法实现自动验旧，纳税人需到办税服务厅手工验旧。
非征期报税
纳税人持税控设备，到办税服务厅纳税申报窗口进行非征期报税。
注销税控设备
纳税人持税控设备，到办税服务厅金税注销窗口注销税控设备。
办理三证合一变更手续
纳税人到办税服务厅税务登记窗口办理三证合一变更手续。
及时进行税务登记
企业在三证合一后，需要及时进行税务登记，领取税务登记证，并确保税务登记信息与工商登记信息一致。
准备财务报表和税务资料
企业需要按照税务部门规定的时间节点，准备好相关财务报表和税务资料，如增值税发票、进项发票等，进行纳税申报。纳税申报可以选择线上或线下方式进行，具体操作可咨询当地税务部门。
网上申报流程
三证合一网上申报流程为：携带营业执照、代码证、国税地税税务登记证正副本原件、经办人身份证原件等材料到政务大厅办理即可。
联系税务机关
办理三证合一后的税务登记要按照下列步骤进行：先联系当地的税务机关，了解具体的申请流程及所需的证件，如营业执照复印件等。向相关的企业注册机构提出申请，按照规定的格式把所有的证件准备好，并且准备完整的财务报表。进行网上审核，所有的证件都会提交到税务机关的电子系统中进行审核，税务机关根据审核结果，会对相关的证件进行确认或者抽查。以上程序完成之后，就可以到当地税务机关办理最终的登记手续，确认并完成税务登记手续。
建议企业在办理三证合一后，及时与当地税务机关联系，确认具体的报税流程和所需材料，确保报税过程顺畅。