书店的管理部门主要 取决于其性质和规模。以下是相关信息的总结：
一般书店
个体书店通常归属于工商行政管理部门的管辖范围，根据《中华人民共和国个体工商户条例》的规定，个体书店需要在工商行政管理部门进行注册登记，并受到该部门的监管和管理。
新华书店
新华书店是中华人民共和国国有图书发行企业，隶属于中共中央宣传部，中国出版集团之下。它不仅是国家官方的书店，也是国家刊物宣传与发售处之一。
新华书店在不同地区的管理机构可能有所不同。例如，一些省市的新华书店隶属于省新华发行集团，有的隶属于当地文化产业集团，有的隶属于省出版集团公司，还有的隶属于省新华书店集团公司。新疆维吾尔自治区的新华书店则直接隶属于新疆维吾尔自治区。
其他类型的书店
如果书店是其他类型的企业（如连锁书店或在线平台），其管理部门可能会有所不同。这些书店可能同时受到文化、新闻出版、工商等多个部门的管理。
综上所述，书店的管理部门可能是工商行政管理部门、文化部门、新闻出版部门或中共中央宣传部等，具体归属取决于书店的性质、规模以及所在地的具体情况。对于新华书店而言，它主要隶属于中共中央宣传部和中国出版集团，但在不同地区可能还会受到其他相关部门的管理。