物流发票的抵扣流程通常包括以下几个步骤：
获取合法的物流发票 ：确保发票信息完整、准确，并属于应税服务范围内的运输费用。录入财务软件：
将发票信息录入财务软件，进行凭证录入。
税务申报系统操作
在税务申报系统中选择相应的抵扣项目，如增值税进项税额。
将发票信息上传至税务系统，等待税务机关审核。
审核与抵扣：
审核通过后，在增值税纳税申报表中填写相关抵扣信息，完成抵扣操作。
计算抵扣金额
根据运输发票上注明的运费金额和规定的扣除率计算进项税额。
扣除率可能因运输方式和地区而异，例如公路运输11%，水路运输9%等。
网上认证或税局认证
使用金税盘或税控盘，通过勾选平台进行发票认证。
认证后，在账务处理时进行抵扣，并在申报时填写在可抵扣金额一栏。
请注意，抵扣的物流发票必须真实、合法，并且与企业经营活动的相关性要高。不同行业、不同地区的抵扣比例可能会有所不同，因此企业需要了解并遵守国家税务部门的相关规定，确保操作的合规性