公司违约金的赔偿方式主要依据《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规。以下是具体的赔偿标准和方法：
合同有明确约定的情况
如果劳动合同或协议中明确约定了违约金金额或计算方式，通常应按照约定执行。
如果约定的违约金数额低于实际损失，可以向法院或仲裁机构申请增加；如果违约金数额过分高于实际损失，可以申请适当减少。
合同没有明确约定的情况
如果合同中没有约定违约金，那么违约方应赔偿对方因违约所造成的实际损失。
损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
特殊情况下的违约金
对于劳动者违反服务期约定的情况，违约金数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
对于劳动者违反竞业限制约定的情况，违约金数额通常由双方约定，但往往有一定的上限，例如不超过实际在公司领取工资总额的30%。
经济补偿与赔偿金
用人单位违法解除或终止劳动合同的，应当按照《劳动合同法》第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
经济补偿金的标准是按照在单位的工作年限，每满1 年支付1 个月工资。
建议
在实际操作中，建议公司在签订合同时明确约定违约金的金额或计算方式，以避免后续纠纷。同时，公司在制定违约金条款时，应确保其合理性，避免过高或过低的违约金数额，以免被法院或仲裁机构调整。在发生违约时，公司应积极收集证据，证明实际损失，以便在必要时通过法律途径维护自身权益。