破坏耕地的管理部门主要包括 自然资源主管部门和 农业农村主管部门。
自然资源主管部门
负责监管耕地的保护、管理和监督，承担土地资源的保护、管理和监督职责。
依照《土地管理法》第七十五条，对破坏耕地行为进行责令限期改正或者治理，并可以并处罚款。
农业农村主管部门
参与耕地保护工作，特别是关于农业生产和土壤质量的问题。
公安机关
依法严厉打击非法占用农用地等破坏耕地违法犯罪活动，落实最严格的耕地保护制度。
环境保护部门
耕地遭到污染时，该部门也承担一定的监管职责。
综上所述，破坏耕地的管理涉及多个部门，建议根据具体情况向自然资源主管部门、农业农村主管部门或公安机关举报，以便采取相应的法律措施。