分公司个税的申报流程如下：
银行扣税账户的开立
首先，需要去银行开立一个扣税账户，以便于后续的税款自动扣款。
税务登记
分公司需要申请税务登记证，并在领取营业执照之日起30日内办理。
网上申报
随着国税和地税的合并，现在可以通过网上申报的形式来缴纳税费。如果分公司没有使用过网上税务申报功能，需要携带营业执照、开户行等资料去当地税务部门申请开通网上申报税务服务。
首次申报个税的流程
登录国家税务总局网站，注册账号。
进入“办税服务厅”，点击“纳税人信息管理”，选择“税务登记申请”。
填写分公司信息，包括名称、地址、法定代表人、注册资本等，并确保信息真实准确。
上传企业法人营业执照、税务登记证、组织机构代码证、法定代表人身份证、银行开户许可证等相关材料。
提交申请后，等待税务部门审核并颁发证书。
日常申报流程
下载个人所得税申报客户端，输入客户名称和密码登录到个人所得税申报平台。
点击人员信息采集，添加或导入人员信息，填写完毕后保存。
填写扣缴所得税报告表，包括工资收入、五险一金等，系统会自动核算税额。
确认无误后，点击申报报送，获取反馈。
如果有税额需要交纳，则直接点击税款缴纳即可。
汇总申报
能够独立交税的分公司每个年度需要进行所得税的税务申报，汇总计算其纳税金额数据。
汇总申报时需要上交年度纳税申报的相关表格，以及报送总部的税务表格和分公司的年度财物报表。
其他注意事项
分公司如果没有任何收入，也需要向当地税务机关申报，可以申报为0，按月份或者季度进行申报和提前缴纳。
个人所得税通常由总公司代扣代缴，具体情况需根据相关税法规定执行。