侦查终结后，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关法律规定，侦查机关对案件的处理主要有以下几种方式：
移送审查起诉
公安机关侦查终结的案件，若犯罪事实清楚、证据确实充分，依法应当追究犯罪嫌疑人的刑事责任，侦查机关应当制作《起诉意见书》，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。
撤销案件
在侦查过程中，若发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任，侦查机关应当撤销案件。若犯罪嫌疑人已被逮捕，应当立即释放，并发给释放证明，同时通知原批准逮捕的人民检察院。
监视居住或取保候审
对于需要继续侦查且符合监视居住或取保候审条件的犯罪嫌疑人，侦查机关可以依法取保候审或监视居住。
直接起诉
最高人民检察院直接立案侦查的案件，若符合刑事诉讼法规定的延长侦查期限的条件，由最高人民检察院依法决定延长侦查期限。
补充侦查
在某些情况下，若人民检察院认为需要补充侦查，可以将案件退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
作出不起诉决定
对于犯罪情节轻微，依法不需要判处刑罚或者免除刑罚的案件，侦查机关应当制作《不起诉意见书》，移送人民检察院审查起诉。
这些处理方式旨在确保案件在侦查结束后能够依法、公正、及时地处理，既保障了犯罪嫌疑人的合法权益，也维护了司法的严肃性和权威性。