当老板发现员工有贪污行为时，应该立即采取以下措施：
收集证据
确保收集所有与贪污行为相关的证据，包括交易记录、电子邮件、短信等。
内部调查
进行内部调查以确认贪污行为的范围和严重性。
法律咨询
尽快咨询专业律师，了解具体的法律后果和应对措施。
报警
如果贪污行为涉及刑事犯罪，应立即向公安机关报案。
对于国家工作人员，向当地人民检察院举报。
配合调查
如实向调查和司法机关提供必要的信息和协助。
自首和退赃
如果可能，员工应该主动向警方或司法机关自首，并退还所有非法所得。
公司政策
根据公司政策和劳动合同，对员工采取相应的纪律处分。
预防措施
加强内部控制，防止类似事件再次发生。
请记住，处理此类问题时应遵守法律规定，并考虑所有可能的后果。