在编人员辞职面临困难的原因主要包括：
工资水平较低：
编制内工资通常不能满足那些有追求和抱负的人，他们可能认为自己的能力与价值没有得到充分体现。
工作环境枯燥：
编制内工作往往需要遵循一定的规章制度，对于富有激情和创意的人来说，这样的环境可能限制了个人的发展。
追求财富自由：
一些人渴望通过创业实现经济独立，而编制内工作很难达到这样的目标。
制度障碍：
例如《管理条例》中对辞职权的限制，以及事业单位工作人员辞职所需手续的繁琐过程，都可能导致在编人员对辞职望而却步。
法律责任制度缺失：
事业单位拒绝办理辞职手续时，几乎没有适用的法律责任制度，行政执法的空白使得辞职者投诉无门。
二次择业困难：
编制内工作人员的专业技能可能难以在新领域应用，且年龄和经验优势不再，使得重新就业变得困难。
家庭和社会压力：
家庭和社会对编制内工作的稳定性和社会地位有较高的期待，辞职可能会受到来自各方面的压力。
违约金和流程繁琐：
辞职可能涉及违约金，以及一系列复杂的流程，这些都会增加辞职的难度。
以上因素综合作用，使得在编人员即使对现状不满，也往往选择留在体制内，而不是冒险辞职。